Zespół badawczy Izmir Biomedicine and Genome Center będzie opracowywał rozwiązania w zakresie chorób genetycznych z dostępem do „superkomputera” o nazwie „Marnostrum5” opracowanego w ramach Europejskiej Inicjatywy Partnerstwa w dziedzinie Obliczeń Wysokiej Skali (EuroHPC).
„MareNostrum5” powstały w ramach EuroHPC, którego Turcja jest członkiem od 2019 roku, wyróżnia się jako urządzenie posiadające możliwości wdrażania nowych osiągnięć naukowych.
Jest stosowany przez naukowców z wielu dziedzin
Zajmujący 8. miejsce na świecie „superkomputer” służy naukowcom i przemysłowi z wielu dziedzin, zwłaszcza sztucznej inteligencji, zmian klimatycznych, energii odnawialnej i nauk o zdrowiu.
Dzięki mocy obliczeniowej odpowiadającej 380 tysiącom laptopów, MareNostrum5 może w ciągu 1 godziny zrobić to samo, co laptopowi zajęłoby 46 lat.
Doktorant Serhan Durunch i badacz Hadis Docem, będący częścią zespołu badawczego kierowanego przez Seyida Kale’a, lekarza wykładowcę z Wydziału Biofizyki Uniwersytetu Kadıp Çelebi w Izmirze, posiadającego laboratorium w Centrum Biomedycyny i Genomu w Izmirze, wykorzystali go w badania genetyczne. Stali się pierwszymi tureckimi badaczami, którzy mieli dostęp do MareNostrum5.
Tureccy naukowcy zamierzają wykorzystać ogromną moc obliczeniową systemu przez rok do opracowania skuteczniejszych strategii diagnozowania i leczenia rzadkich chorób genetycznych.
Korzystając z czasu, jaki zyskają na komputerze, badacze przeprowadzą szczegółowe analizy i symulacje, aby zmapować te badania i odkryć nowe mechanizmy epigenetyczne.
Badanie, do którego dostęp ma MareNostrum5, koncentruje się na rozwoju badań genetycznych nad zespołem Rahmana – rzadką chorobą powodującą niepełnosprawność rozwojową, upośledzenie umysłowe, autyzm i przedwczesne starzenie się – powiedział Serhan Turunç.
Duron powiedział, że pracują nad tym projektem od około 2 lat i cieszą się, że osiągnęli taki wynik:
„Korzystając z metod obliczeniowych w środowisku komputerowym, określamy, jak cząsteczki biologiczne działają wewnątrz komórek. W naszych badaniach badamy dynamikę białka niosącego mutację chorobową i białka bez mutacji. W wyniku tego badania udało nam się uzyskać zrozumieć powiązania, jakie wynikają z różnic pomiędzy różnymi badaniami i w ten sposób diagnozować choroby genetyczne, których się rozwijamy, głównym elementem tego badania jest główny aspekt leczenia. Dziś w klinice staramy się osiągnąć diagnozę poprzez badanie pacjenta objawów, ale wraz z rozwojem zasobów obliczeniowych metody te będą w stanie lepiej scharakteryzować chorobę na poziomie molekularnym i opracować konkretne leki terapeutyczne. Na tym etapie technologia będzie ewoluować, a nasza praca jest tego prekursorem”.
„Odkrywamy obraz molekularny”
Kale stwierdził, że każdą chorobę można wytłumaczyć molekularnie i w tym sensie badanie, o którym mowa, jest bardzo ważne.
Dziękując władzom, które się do nich przyczyniły, zwłaszcza badaczom z jego grupy, Calle powiedział: „Nie jest możliwe badanie każdego pacjenta za każdym razem, ale możemy przeprowadzić symulacje dla każdego pacjenta, w zależności od sytuacji. Dlatego zapewniamy badanie molekularne zdjęcie.” powiedział.
Hatice Döşeme przypomniała inaugurację „superkomputera” MareNostrum5 w Barcelonie w Hiszpanii pod koniec ubiegłego roku i stwierdziła, że jest dumna, że ma dostęp do tego komputera.
„Rozrabiaka. Internetowy ćpuna. Telewizyjny znawca. Fanatyk alkoholu. Praktyk piwa. Oddany myśliciel. Rozwiązuje problemy. Pisarz. Znawca kawy”.